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玉米促丝裂原活化蛋白激酶家族基因的电子克隆及生物信息学分析
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毕业论文范文题目:
玉米促丝裂原活化蛋白激酶家族基因的电子克隆及生物信息学分析
,论文范文关键词:
玉米促丝裂原活化蛋白激酶家族基因的电子克隆及生物信息学分析
玉米促丝裂原活化蛋白激酶家族基因的电子克隆及生物信息学分析毕业论文范文介绍开始:
【论文摘要】
:本研究利用资源丰富的玉米EST数据库,基因组数据库跟蛋白质数据库,采取基于EST及蛋白质数据库的电子克隆的方法,猜测可能存在的玉米MAPK家族基因。凭借众多生物信息学工具对猜测得到的玉米MAPK进行基本的生物信息学分析,并在实验室内克隆得到ZmMPK5,ZmMPK6,ZmMPK9三个玉米MAPK基因。本研究的成果如下:(1)利用水稻的MAPK序列跟玉米MaizeGDB数据库,采取基于EST的电(本文此处忽略..)子克隆的方法获得了11个玉米MAPK基因,通过对玉米cDNA数据库的同源检索得到了4个玉米MAPKs基因,应用隐马尔科夫模型检索玉米蛋白质数据库得到了6个玉米MAPKs基因,终极猜测得到21个玉米MAPKs基因;利用玉米MAPK与水稻及拟南芥MAPK的同源进化关联绘制体系进化树,将猜测到的玉米MAPK归类并从新命名为ZmMPK1-ZmMPK21。(2)应用网络上丰富的蛋白质构造跟功能猜测工具对猜测得到的21个(略..)玉米MAPKs进行一级构造、二级构造、三维构造跟构造域分析。利用的软件工具包含ProtParam分析蛋白质的理化性质;利用ProtScale分析蛋白质的亲疏水性;利用TMpred猜测蛋白质的跨膜构造域;利用COILS猜测卷曲螺旋;利用TargetP对蛋白质进行亚细胞定位;利用Pfam跟PlantsP分析蛋白质功能构造域;利用SWISS-MODEL分析蛋白质的三维构造。成果显示ZmMPK(此处忽略..)7,ZmMPK8,ZmMPK9,ZmMPK10,ZmMPK11,ZmMPK12,ZmMPK14,ZmMPK21的牢固性较强,其余ZmMPK的牢固性较差;所有ZmMPK均显示较强的亲水性,无跨膜构造,卷曲螺旋较少;ZmMPK14,ZmMPK17,ZmMPK18,ZmMPK20可能位于线粒体内,其余ZmMPK处于胞质内,基本合乎大多数MAPK位于核周区的特点;初步展示了19个ZmMPK的三维构造。(3)根据猜测的玉米MAPK家族基因设计(此处忽略..)PCR引物,以玉米总mRNA反转录得到的cDNA为模板,扩增得到了ZmMPK5,ZmMPK6,ZmMPK9三个玉米MAPK基因以及ZmMPK2,ZmMPK3,ZmMPK4,ZmMPK5,ZmMPK17,ZmMPK18,ZmMPK20的特异性片段,并构建了RNAi动物表白载体,为后续研究打下了基本。
以上为本篇毕业论文范文
玉米促丝裂原活化蛋白激酶家族基因的电子克隆及生物信息学分析
的介绍部分。
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