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山羊TYRP1基因序列分析及SNPs研究

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毕业论文范文题目：山羊TYRP1基因序列分析及SNPs研究，论文范文关键词：山羊TYRP1基因序列分析及SNPs研究
山羊TYRP1基因序列分析及SNPs研究毕业论文范文介绍开始：
【论文摘要】：本实验首先从GenBank中下载人,小鼠等18个物种的55条TYRP1基因的完整CDS序列,利用DnaSP,BioEdit等软件对其进行生物信息分析,研究其在种内种间的变异情况。结果表明,家猫、人和狗的遗传多样性较其他物种丰富,尤其是家猫,可以用来进行TYRP1与毛色的相关分析。利用zPicture软件进行多物种序列比对,在TYRP1基因转录起始位点上游发现有两个进化保守区(-1306到-733和-642到-515,基于序列AL138753),可以作为调控候选单位。选取一条小鼠TYRP1蛋白质序列,利用ProtParam、SOPMA、SMART、MyHits等在线分析软件对其进行理化性质分析、二级结构及motif基序预测。结果显示,该蛋白包含537个氨基酸残基,为不稳定的亲水性蛋白,因此认为该蛋白需要经过修饰或以多酶复合体方式工作。其分子量为60.6kDa。除去约2kDa的N端信号肽序列,约58kDa的蛋白序列加上17kDa的修饰成分(糖基化和铜原子)组成成熟的TYRP1蛋白,即75kDa的I型跨膜糖蛋白。α-螺旋和无规则卷曲是TYRP1蛋白序列最大量的结构元件,散布于整个蛋白质中。SMART和疏水性分析显示了该蛋白的三个功能性片段,（本文此处忽略..）即N端的信号肽,中间相当大的片段组成酪氨酸酶相关家族特征性结构域,C端的跨膜结构域。通过比对及软件分析,获得了种间较保守的氨基酸及motif基序。根据GenBank上已发表的牛和绵羊的TYRP1基因DNA序列(NC_007306.3和EU760771.1)以及山羊的mRNA(AF136926.2)序列进行引物设计,扩增山羊TYRP1基因从启动子区到外显子8几乎完整的基因序列,测序总长度为17554bp,已提交到GenBank,序列号为HM070243。经同源分析等方法确认的外显子,拼接后得到完整编码区的CDS序列,全长1614bp,除了内含子5以GC-AG作为剪接位点外,其他的内含子均符合经典的GT-AG模式。其转录起始位点定位在984位、TATA框定位在944-950,M框定位在768-778,bicoid/Otx共有元件定位在822-827和880-885。根据测序结果检测到山羊TYRP1基因序列上共80个突变位点,其中处于外显子的有12个,内含子的68个。依据序列号HM070243上的位置来命名这些突变位点,处于外显子上的12个点突变分别为g.1428CT,g.1537GT,g.3465CG,g.3526GA,g.10047GA,g.13267AG,g.17307AG,g.17408TG,g.17436AG,g.17468CG,g.17472TA和g.17488CA,其中g.1428CT位于5’非翻译区,g.17468CG,g.17472TA和g（此处忽略..）.17488CA位于3’非翻译区,有7个是错义突变:g.1537GT(p.Gly10Val),g.3465CG(p.Asn186Lys),g.3526GA(p.Gly207Ser),g.10047GA(p.Ala334Thr),g.17307AG(p.Ile493Val),g.17408TG(p.Asn526Lys)和g.17436AG(p.Met536Val)。处于内含子的64个点突变分别为g.1263AC,g.1949TC,g.1983GT,g.1992TC,g.1997CA,g.2011GC,g.2228AT,g.2447GA,g.2619TG,g.2661GA,g.2725AG,g.2848TC,g.3039CT,g.3060GA,g.3078GC,g.3106AG,g.3279TC,g.4432AG,g.4536TC,g.4630AG,g.4664CT,g.4699CT,g.5168AG,g.5300AG,g.5425AC,g.5434AC,g.5955CT,g.2957AT,g.6191CA,g.6216AC,g.6217TG,g.6210delA,g.6280AG,g.6976GA,g.7017CT,g.7280TC,g.7440TC,g.8787CT,g.8793GA,g.8807GA,g.8885TC,g.9449CT,g.9527TC,g.10812AG,g.10895AT,g.11604TA,g.11729TA,g.12356TG,g.12414CG,g.12776GA,g.12969GA,g.13635GA,g.13947CT,g.14038TA,g.14055AG,g.14215TC,g.14263CT,g.14532TC,g.14600CT,g.14751GC,g.16758CT,g.16869AG,g.16979AG和g.17130TA。另外,在山羊TYRP1基因序列中发现了7个简单重复序列SSR,其中五个位（略..）于内含子5,两个位于内含子6。位于内含子5的其中4个SSR基序前后相接,串联在一起。对山羊TYRP1基因翻译起始位点上游的两个SNP(g.1263AC和g.1428CT)进行遗传多样性和毛色相关分析,结果显示,这两个位点的遗传杂合度均不是很高,位点g.1263AC的遗传杂合度明显高于位点g.1428CT。同时相对于这两个位点,南江黄羊快长系、南江黄羊黑色系和济宁青山羊都缺乏杂合体。根据这两个位点的基因型和单倍型在群体间的分布情况,初步推断,g.1263AC位点的等位基因A,及单倍型AC有利于真黑色素的合成,即有利于形成深颜色的毛色。而g.1428CT突变在进化史上发生的较晚,对色素合成影响不大。对于SNPg.1263AC和g.1428CT,本实验中的9个山羊群体间的遗传分化系数Fst分别为0.1119和0.0740,说明这两个位点总体遗传多样性均主要来自于品种内,较少来自于品种间。

以上为本篇毕业论文范文山羊TYRP1基因序列分析及SNPs研究的介绍部分。

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