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猪伪狂犬病毒EP0基因生物信息学分析及TK蛋白的同源模建

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毕业论文范文题目:猪伪狂犬病毒EP0基因生物信息学分析及TK蛋白的同源模建,论文范文关键词:猪伪狂犬病毒EP0基因生物信息学分析及TK蛋白的同源模建
猪伪狂犬病毒EP0基因生物信息学分析及TK蛋白的同源模建毕业论文范文介绍开始:
【论文摘要】:将四川农业大学动物生物技巧核心保存FA株、疫苗株783株、Bartha株跟SA215株,四川野毒株SN株、SS株、SQ株、SL株跟SCZ株,以及由韶关学院英东生物工程学院娄高超惠赠的北京株BJ株、广东株DG、湖北株HS株共计12株伪狂犬病病毒株,利用PCR技巧扩增得到了PRV完全的EP0基因的片段12条,同时以FA株为材料,PCR扩增得到PRV完全的TK基因片段。回收PCR产物,成功连接转化到感触态细胞E.coliDH_(5a)中。通过菌落PCR鉴定正确后,送上海俊秀生物公司进行测序(文章此处忽略..)。将所有的12条序列连同GenBank中登录的3条EP0基因全序列共15条基因序列,利用生物软件对它们的基因序列的同源性、渐变区域的定位、遗传进化关联、CpG岛分析、密码子偏爱性,氨基酸序列的同源性、蛋白质亲水性、抗原表位分析、二级构造等生物信息学的内容进行猜测跟分析。同时,对猪伪狂犬病病毒FA株、疱疹病毒属的单纯疱疹病毒I型、牛疱疹病毒I型、马疱疹病毒I型、马雷克(氏)病疱疹病毒I型以及水痘带状疱疹病毒的早期蛋白的同源性跟进化关联的分析。成果表明:PRV-EP0基因的开放(本文此处忽略..)浏览框的核苷酸长度在1230~1233bp,氨基酸长度在409~410个之间,核酸同源性为97.6%~99.9%,氨基酸的同源性在96.6%~100%之间,在EP0基因核酸序列最大的差别是在684~688位之间存在一个AGG缺失渐变区,不同毒株基因均对GC极为偏爱。毒株间基因蛋白质亲水性、抗原表位跟蛋白质二级构造猜测等内容的分析成果非常类似,阐明PRV-EP0基因存在很高的保守性。疱疹病毒属间的核苷酸同源性在1.4%~41.4%之间,氨基酸同源性在5.9%~42.0%之间。以PRVFA为材料,克隆测序胸苷激酶(TK)基因,用FASTA程序在蛋白质构造数据库(Bro(此处忽略..)okhavenproteindatabank,PDB)中搜查同源蛋白,通过同源模建跟分子能源学模仿树破胸苷激酶的3D模型,模型的坚固性经Ramachandran图跟Profile-3D图验证。采取InsightⅡ/Bindingsite跟Delphi方法准断定位了胸苷激酶的活性位点,在此基本上,设计出胸苷激酶克制小分子(N-苯基-N'-甲基脲),通过柔性分子对接方法阐明了胸苷激酶克制剂与靶酶活性位点的彼此作用模式。该研究从病原、分子程度、生物信息等方面对PRV-EP(略..)0基因进行了研究,摸清该基因的遗传背景,为当前更进一步研究该基因对PRV埋伏感染状况的树破、保持跟再激活的作用。同时同源模建TK蛋白的3D模型,猜测该蛋白的活性区域,同时设计了配体,探讨了配体对TK蛋白克制造用。为研究对猪伪狂犬病新的医治打算(实现先医治后防备的新的防制打算)奠定基本。


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