基于真菌基因组同源性分析的曲霉属特异性分子标记筛选

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基于真菌基因组同源性分析的曲霉属特异性分子标记筛选

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毕业论文范文题目：基于真菌基因组同源性分析的曲霉属特异性分子标记筛选，论文范文关键词：基于真菌基因组同源性分析的曲霉属特异性分子标记筛选
基于真菌基因组同源性分析的曲霉属特异性分子标记筛选毕业论文范文介绍开始：
【论文摘要】：真菌作为低等的真核生物,种类庞大而多样。据估计全世界有150万种真菌,至今已被描述的约8万种。真菌与人类的关系密切。一些真菌可以增加土壤肥力和促进农作物的生长发育,而一些真菌引起的作物病害可以使其颗粒无收；一些真菌可以诱导林木根系发育而促进生长,另一些真菌可以将森林毁于一旦；一些真菌可以把葡萄和某些水果酿成美酒,而另一些真菌可以使葡萄和水果腐烂变质；一些真菌可以通过发酵生产抗生素而挽救了数以亿计的生命,但是有一些真菌侵染人体引起疾病使人不治而亡；人们在日常生活中用真菌发酵制作各种美味食品,然而一些真菌可以侵蚀这些食品使其腐烂变质而产生毒素引起食物中毒。如何更好地利用真菌为人类服务及控制真菌的危害等始终是真菌学家们努力的方向。在真菌界,也许没有其它属会像曲霉属(Aspergillus)那样,既存在很多的对人类有害的种,同时也有相当数量的种在生物医药和工业上产生重大的影响。例如,构巢曲霉(A.nidula（略..）ns)已成为真菌遗传学和细胞生物学研究的模式实验材料,黑曲霉(A.niger)被发酵工业利用生产柠檬酸,米曲霉(A.oryzae)在传统的饮料和制酱业的发酵过程中扮演着关键作用。相反,黄曲霉(A.flavus)产生致癌的黄曲霉毒素,烟曲霉(A.fumigatus)和土曲霉(A.terreus)是人畜最具代表性的免疫系统受损的条件致病菌。随着越来越多的生物全基因组被测序完成,阐明各种生物基因组DNA中碱基对的序列信息及破译相关遗传信息的基因组学以及对已知基因和基因的结构进行比较,了解基因的功能,表达调控机制和物种进化过程的比较基因组学已经成为与生物学和医学研究不可分割的学科。较其他真核生物的基因组而言,真菌基因组相对简单,容易被测序和注解,而且便于进行遗传操作和基因修饰。因此,真成为真核生物基因组研究的最佳模式生物,真菌基因组学研究能为系统发生学、种分类与进化、基因功能分析、药物靶基因研究及药物开发等提供理论依（此处忽略..）据和方法学支持。为加快真菌基因组研究步伐,美国Broad研究所与真菌学研究团体于2000年发起真菌基因组行动(fungalgenomeinitiative,FGI),目的是促进在医药、农业和工业上具有重要作用的真菌代表性物种的基因组测序。2002年2月FGI发表了第一份关于测定15种真菌基因组计划的白皮书。2003年6月,发表了第二份白皮书,列出了44种真菌作为测序的目标,强调对其中10个属即青霉属Penicillium、曲霉属Aspergillus、组织胞浆菌属Histoplasma、球孢子菌Coccidioides、镰刀菌属Fusarium、脉孢菌属Neurospora、假丝酵母属Candida、裂殖酵母属Schizosaccharomyces、隐球酵母属Cryptococcus和柄锈病菌属Puccinia的物种优先进行测序。截至2012年2月14日,有124种真菌基因组测序已完成,另有59种基因组序列测定进行中。本文基于已发表的8个曲霉全基因组序列代（文章此处忽略..）表,包括黄曲霉(A.flavus),米曲霉(A.oryzae),土曲霉(A.terreus),黑曲霉(A.niger),费希新萨托菌(N.fischeri),烟曲霉(A.fumigatus),棒曲霉(A.clavatus)和构巢曲霉(A.nidulans),通过建立基因组数据库进行本地blast,在它们的同源性区域设计各自的特异引物,作为分子鉴定的标记。据相关文献报道,真菌的保守基因核糖体基因及RPB1、RPB2、TEF1、cmd、β-微管蛋白基因等可作为分子鉴定标记的候选基因。限于研究的工作量及时间,本文只分析了RPB2基因的保守区,设计了烟曲霉的特异分子引物作为鉴定烟曲霉的一种快速分子检测手段。首先从网上下载烟曲霉的RPB2基因,将其与本地数据库比对,找到其他7种曲霉的RPB2同源基因,通过将8条RPB2基因序列导入到ClustalX进行多序列比对,在保守区以烟曲霉RPB2基因为模板设计了5对特异引物,最终通过PCR检测出只有2对引物在烟（文章此处忽略..）曲霉中扩增出单一的电泳条带,而在其它6种曲霉中没有任何条带产生。因此,目前这2对引物就可以作为烟曲霉的特异分子标记。本研究后面的工作将会按照同样的方法找到黄曲霉的2-3个特异分子标记,然后去收集尽可能多的真菌界里面其它属的种以及曲霉属里面除了文中研究的八种之外的曲霉种对已经所找到的烟曲霉和黄曲霉的特异分子标记进一步做PCR验证。通过上述特异的分子标记来检测烟曲霉和黄曲霉,一方面它提供了一个全新的简单快捷检测病原菌的手段,特别是在进出口检疫时,将会给人们减少很多不必要的经济损失,减少很多人畜病害等；另一方面通过比较基因组学结合本地基因组数据库的Blastall将有望成为一种十分快速的来研究基因进化、物种鉴别和种系发生的有效方法。

以上为本篇毕业论文范文基于真菌基因组同源性分析的曲霉属特异性分子标记筛选的介绍部分。

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