鳅超科鱼类若干基因的进化及分子系统发育分析

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鳅超科鱼类若干基因的进化及分子系统发育分析

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毕业论文范文题目：鳅超科鱼类若干基因的进化及分子系统发育分析，论文范文关键词：鳅超科鱼类若干基因的进化及分子系统发育分析
鳅超科鱼类若干基因的进化及分子系统发育分析毕业论文范文介绍开始：
【论文摘要】：鳅超科(Cobitoidea)是鲤形目(Cypriniformes)鱼类中重要的类群之一种类多,形态差异大,分布广泛。本研究以鳅超科鱼类为研究对象,对线粒体基因COI、ND4、ND5和核基因RH1、RAG1、EGR2B和RBP共7个基因的进化情况进行了分析。并以这几个基因作为分子标记,探讨了鳅超科鱼类的系统发育关系。主要研究结果如下：1、测定了鳅超科共32个种35尾样本的基因序列,包括线粒体基因COI、ND4、ND5和核基因RH1、RAG1、EGR2B和IRBP。同时,从GenBank上获取了29个种共92条相关的基因序列。用MEGA4.0软件分析了基因序列的遗（略..）传变异,用PAML集成的基于密码子的模型分析了这7个基因在鳅超科鱼类中的进化。结果表明：(1)变异位点和简约信息位点分析显示,线粒体基因的变异总体大于核基因的变异,其中以ND5基因的变异程度最大,EGR2B基因的变异程度最小。(2)序列在碱基组成上表现为3个线粒体基因及1个核基因IRBP的AT含量(51.3%-57.5%)大于GC含量(42.5%-48.7%),RH1基因基本相等,RAG1和EGR2B基因GC含量(52.4%、60.4%)大于AT含量(47.6%、39.5%)。(3)选择压力和位点检测显示,总体上所有基因都处于纯化选择之下(purifyingselection),其中以COI基因受负向选择(negativesel（略..）ection)影响最大,IRBP基因最小。并且只有RH1基因存在一个正向选择位点,位于该基因编码蛋白的跨膜区域。(4)分支模型似然率检验表明,线粒体基因COI,ND4和ND5在鳅超科鱼类种间的进化速率ω有显著差异,而核基因RH1,RAG1,EGR2B和IRBP则没有显著差异。表明3种线粒体基因可能因为独立进化的原因,种间差异更为明显；而4种核基因可能因其在遗传和发育上的重要功能,在鳅超科类群中更加保守。2、以线粒体基因COI、ND4+ND5和核基因RH1、RAG1、EGR2B和IRBP作为分子标记,采用贝叶斯分析法(BA)和最大似然法(ML)两种方法构建（此处忽略..）系统发育树。我们采取了三种策略：(1)单基因系统发育分析,即6个数据集共构建12棵系统发育树；(2)线粒体基因和核基因两种数据集分别联合分析,2组数据集共构建4棵系统发育树；(3)线粒体基因与核基因联合系统发育分析,共构建2棵系统发育树。BA和ML方法的结果均以很高的支持率支持鳅超科中平鳍鳅科、条鳅科、花鳅科、沙鳅科和梵条鳅科五个类群的单系性。多基因联合的方法解释了单基因分析中某些支系的不一致问题,并以更高的支持率解决了这五大类群的系统发育关系。结合鱼类的生活环境、行为习性和地理分布等方面的证据,对平鳍鳅科与条鳅科的姐妹群关系进行了阐明。结（文章此处忽略..）合生境资料与基因进化结果的分析,对一直存在争议的梵条鳅属的系统发育位置进行解释,认为梵条鳅科独立为一个科,并与(花鳅科+(条鳅科+平鳍鳅科))构成姐妹群关系。综合以上结果,认为鳅超科中鳅类的系统发育关系为：(沙鳅科+(梵条鳅科+(花鳅科+(条鳅科+平鳍鳅科))))。

以上为本篇毕业论文范文鳅超科鱼类若干基因的进化及分子系统发育分析的介绍部分。

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