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ANN方法在蛋白酶体酶切研究中的应用

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毕业论文范文题目:ANN方法在蛋白酶体酶切研究中的应用,论文范文关键词:ANN方法在蛋白酶体酶切研究中的应用
ANN方法在蛋白酶体酶切研究中的应用毕业论文范文介绍开始:
【论文摘要】:蛋白酶体(Proteasome)在抗原肽加工提呈过程中发挥着重要的酶切功能。为了进一步研究蛋白酶体酶切特异性,本文基于神经网络方法预测蛋白酶体的酶切位点,采用10折交叉验证法得到预测准确度为80.21%。在相同检验集下,将本模型与其他预测模型比较,结果是本模型性能指标最优。通过计算样本数据的酶切位点两侧区域氨基酸对裂解的贡献,得出蛋白酶体酶切位点及其两侧区域氨基酸的酶切特异性,反映了蛋白酶体裂解抗原蛋白的相互作用信息,这表明蛋白酶体对抗原蛋白的酶切处理不是随机的,而是有一定模式和选择性的。在主要组织相容性复合体分子(majorhistocompatibilityofcomplexclassⅠ,MHCⅠ)分子结合的抗原肽(本文此处忽略..)加工提呈过程中,真核细胞中的泛素.蛋白酶体系统对抗原蛋白发挥着重要的酶切降解功能,其过程是靶蛋白首先以共价键形式联结多个泛素(ubiquitin)分子,形成靶蛋白多聚泛素链,即靶蛋白泛素化(ubiquitination),然后再被输送到26S蛋白酶体(proteasome)中被消化降解。哺乳动物26S蛋白酶体(proteasome)是由一个20S催化颗粒(catalyticparticle,CP)和两个19S调节颗粒(regulatoryparticle,RP)组成的ATP(adenosine-triphosphate,ATP)依赖性蛋白水解酶复合体。20SCP是26S蛋白酶体的催化核心,它是由4个圆环堆叠形成的桶状复合物,其中两侧外环每个环是由α_(本文此处忽略..)1-α_7亚基组成,两个内环每个环是由β_1-β_7亚基组成,4个环的中央形成一个狭窄的内腔。2个β内环形成了20SCP的催化中心空腔,其内壁为催化活性位点所在地;外侧α环中心的孔道是底物到达催化中心空腔的通道,一般被α亚基上的N末端所封闭,阻止胞内非目的靶蛋白进入20SCP内被降解破坏。人体中20SCP的活性调节颗粒因子有两种:一种是19SRP,另一种是11S调控因子(regulator,REG)。当两个19SRP结合到20SCP的两端,就形成了一种ATP依赖性蛋白水解酶复合体——26S蛋白酶体。19SRP的功能是识别泛素化的靶蛋白并在其进入20SCP前对其进行去泛素、去折叠和移位,19SRP与20SCP的结合导致α亚基构象改变,并开启底物通道,α亚基能促使(此处忽略..)底物进入20SCP的水解中心,只有进入蛋白酶体内部的靶蛋白才能够被水解。当11sREG结合到20SCP两端,就形成了一种非ATP依赖性蛋白水解酶复合体,即橄榄球蛋白酶体,11SREG本身不具有催化和降解靶蛋白的功能,但可激活蛋白酶体的蛋白酶活性,以及在促进多肽片段产生中起到重要作用。当19SRP和11SREG分别结合到20SCP的两端可形成一种特殊的蛋白酶体复合体,称之为杂化蛋白酶体。此外,在脊椎动物中,γ干扰素等细胞因子可显著地诱导产生β_(1i)(LMP2)、β_(5i)(LMP7)、β_(2i)(MECL1)分别置换20SCP中的β_1、β_5、β_2。这种被γ干扰素诱导的20SCP称为”免疫蛋白酶体”,而没有被诱导的20SCP称之为”组成性蛋白酶体”。文献已有报道依据相(文章此处忽略..)关蛋白酶体裂解产物的实验数据,对蛋白酶体酶切抗原蛋白的酶切位点进行理论预测,如PAProC~[1],MAPPP~[2],Netchop~[3]等工作,但其准确性和可靠性还有待进一步提高.本文通过人工神经网络方法,建立了蛋白酶体裂解特异性预测模型,此模型的建立将有助于人们对MHCⅠ类分子结合抗原肽加工提呈过程的深入了解,对人们进行肿瘤疫苗设计和开发都是具有一定指导意义的。


以上为本篇毕业论文范文ANN方法在蛋白酶体酶切研究中的应用的介绍部分。
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