会计集中核算是加强财务、财政资金管理的一项新举措，毋庸置疑，它对于加强公共支出的管理，提高财政性资金的使用效益，规范非营利组织单位的会计核算，提高会计信息的质量起到了重要的作用；但是，由于实施会计集中核算制度是一项制度创新，在它的初始阶段和任何新生事物一样，也必然存在其局限性和不够完善的地方。首先对统管单位来讲，撤消财会机构后，忽视会计、出纳工作，财务管理的主动性、积极性则受到影响；其次就结算中心而言，难以对统管单位实施全过程的会计监督，表现在支出的合理性难以控制，发票的真实性难以把握，收入游离于结算中心统管账的体外，加之结算中心只是强调财政资金规范运作，而忽略资产的管理，特别是在固定资产的后续控制上，财务监督核算与财产物资管理相脱节，结果造成会计信息质量难以提高；再次财政部门由于长期重视财政资金分配过程，轻视财政资金使用效益问题未曾得到根本解决，在财务集中核算后，过分依赖结算中心导致财政管理弱化，监督力度不够。财务集中核算存在上述问题的原因是多方面的，归结起来有以下几点：

（一）认识上的错位

财务集中核算后一改过去的“单位批单位报”为“单位批中心报”。财务集中核算推行前，单位支出只要单位领导“一支笔”就可报销，集中核算后，单位领导签了字还须结算中心总会计（或：结算中心主任）审核后才能报销。亦有少部分单位领导对本单位财务支出接受结算中心的制约和监督，产生抵触情绪，有意放松甚至放弃财务管理。财务集中核算以后，一方面有些单位领导认为报账员是打打杂、跑跑腿的，有无资格证、有无财务工作能力无关紧要，报账人员随意任命，导致报账员专业能力参差不齐。另一方面单位会计机构撤消后，有些单位对报账员的待遇地位不予肯定，报账员的工作积极性自然得不到充分发挥。

（二）弱化会计基础管理职能

首先，作为中心，集中核算撤消了单位的会计机构、岗位，财会的组织、控制、分析、评价、决策以及资产管理、预算编制执行等工作和职能延袭从前留在单位，而只将记帐、算帐、报帐等核算以及相关资料工作进行了集中。充其量，中心只是从事繁杂的账务处理，实现的是“记帐规范化”。而财务活动与会计业务的分离，必然导致中心片面追求会计核算职能与监督作用，而更为重要的收支预算执行和经济管理活动等会计基础管理职能则被忽视和弱化。其次，作为核算单位，长期以来由分头核算所形成的既得利益及责权利分配格局，一朝因集中核算而资金被统管、开支被监督、权力被肢解，必然引发单位领导对财务职能履行的无为和消极。再次，作为报帐员，由于财会职位的撤销，其在单位的地位和作用一下子由枢钮中心掉到跑腿打杂的边缘，其消极与怠工可想而知，更歪提工作积极性的发挥了。

（三）加强财务监督的目标难以实现

中心对单位的财务监督本应建立在对单位业务了解的基础上，但财务集中核算后，结算中心一人管十多个单位的账，大厅式的工作模式，造成了财务管理与会计核算分离，失去了实地实时监督的优势，单位报账时，结算中心只能根据票据来判断，一是看单位报账发票的手续是否完备；二是看票据是否规范合法。只要手续完备，票据合法有效，不管反映的经济内容是否真实，都必须报销。结算中心整天忙于报账结账记账，无法顾及发票内容的真实性。会计监督职能难以真正实现。

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